商超运营公司是中科海外又一重要的投资产业，目前，商超运营公司拥有一支经验丰富的专业运作团队，依托浙江龙泉菌类培植基地，除经营自有品牌“珍菌坊”品牌菌类干货系列产品、“活机生活”品牌珍菌类深加工食品、“活机生活”品牌珍菌日化类产品外；同时通过代理合作方式运作华南食品市场，运作品牌有大成好乐宝玉米油、古龙罐头、汇源纯果肉、金友大米、薯根源粉丝、陶宝娃休闲豆等。

公司与1000多家餐饮及星级酒店、800余家大中型商超，600余家OTC药店密切合作。2010年，珍菌干货类产品进驻沃尔玛，家乐福、华润万家、百佳、岁宝、好又多等大中型商超，同年，“珍菌坊”品牌香菇取得广东沃尔玛干货类单品销售额第一名的佳绩，进入沃尔玛TOP10供应商名单。